我国工厂养殖目前受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全封闭循环水养殖企业较少。流水养殖和半封闭养殖方式产量低（单位水体产量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，与先进国家技术密集型的循环水养殖系统相比，在系统的循环水率、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近国际水平，在设备、工艺、产量（先进技术的产量达100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物净化系统的构建、净化效率和稳定性、系统集成度、系统稳定性等方面仍存在着一定的差距。
我们应该用目标产量和预算来衡量需要做多大面积的工厂化循环水养殖系统，而不是简单的用面积来做对比。 工厂化循环水养殖系统前期投入相对较高，如果简单套用原来池塘养殖的经验和面积，总投资额会是一个很庞大的数字，普通养殖户难以接受，也无形中放大了工厂化循环水养殖的高投入印象，不利于养殖户对工厂化养殖产生合理的理解。 在从传统池塘养殖转换到工厂化循环水养殖的过程中，我们可以用一个简单的比例来进行换算，同样的产量，工厂化循环水养殖仅需池塘养殖面积的10%。有了这个比例，就能更科学的规划养殖面积和预算。
在藻类生长所需的大量元素中，磷、氮通常是水体浮游植物增长的限制性因子，总氮大于1.2毫克/升、总磷大于0.11毫克/升时水体开始富营养化，在淡水中当总磷小于0.1毫克/升时藻类生长发展为磷限制。而过高的磷输入如总磷为1.65毫克/升，并不能促进藻类生长。要培养出养殖所需要的有益藻、抑制蓝藻、裸藻等有害藻，我们需要重点关注一些化学指标，总碱度、硬度、盐度、氮、磷、碳以及微量元素钙、铁、锰、锌等有可能成为限制性因子的指标。池塘中的有机质含量可通过检测水中有机耗氧量得知，水中有机质含量高，氮磷的含量也会高，在降氨氮同时可以降低水体有机质含量。