拼箱货的计费吨力求做到准确。拼箱货交货前，应要求工厂对货物重量和尺码的测量要尽可能地准确，送货到货代指定的仓库存放时，仓库一般会重新测量，并会以重新测量的尺码及重量为收费标准。如遇工厂更改包装，应要求工厂及时通知，不要等到货送到货代仓库时，通过货代将信息反馈回来，往往时间已经很紧，再更改报关单据，很容易耽误报关，或产生加急报关费和冲港费等。
亏舱费常见原因和预防措施：海关查验导致无法及时出运。防范：请货代要求货主报关做到单单一致，单证一致，单货一致，海关若有疑问请配合货代公司报关员及时清晰地向海关答复。海关有什么要求尽可能配合，以保证货物及时出运。 简而概之，对于产生拼箱亏舱费用的预防重要的还是货主与货代保持密切良好的沟通。同时货代尽心尽责为货主及时解决问题，货主也要相信货代，坦诚相见。
拼箱货一般不能接受指定某具体船公司，船公司只接受整箱货物的订舱，而不直接接受拼箱货的订舱，只有通过货运代理（个别实力雄厚的船公司通过其物流公司）将拼箱货拼整后才能向船公司订舱，几乎所有的拼箱货都是通过货代公司"集中办托，集中分拨"来实现运输的，华东地区的拼箱集散港基本上为上海港。一般的货运代理由于货源的局限性，只能集中向几家船公司订舱，很少能满足指定船公司的需求，因此在成交拼箱货时，尽量不要接受指定船公司，以免在办理托运时无法满足要求。