工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。
循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝(xiao)酸氮的影响。环控公司的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开。目前循环水养殖设备已实现工厂化生产，做到了养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝/酸盐、硝/酸盐、磷酸盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。