气压的降低，造成水体对氧的溶解度降低，导致水体缺氧。在气压低的情况下，常可见水体底部污染物泛起，这就是所谓“泛塘现象。“泛塘”的结果造成水底因缺氧而抑制的好氧菌重新得到获取氧气的机会，由此急剧消耗水体溶氧。工厂化循环水养殖模式仍然是未来具有发展潜力的陆基循环水养殖模式, 是中国开创现代水产业的重要组成部分。随着核心装备的国产化、水处理工艺的成熟化、养殖管理的科学化, 集“装备工程化、技术现代化、生产工厂化、管理工业化”为一体的现代工业化养殖产业新模式将会被建立, 水产业的转型升级, 海淡水养鱼大产业的架构, 才能够实现, 而中国水产业将进入工业化养殖新时代, 届时, 中国不仅是世界水产大国, 也同样会是世界水产强国。
循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
在目前的发展水平下，循环水养殖模式较高的准入门槛使得循环水养殖与普通低附加值鱼类无缘，而名贵海水鱼类可养殖品种有限，限制了循环水养殖模式的发展。近些年来，经过专家学者和众多的养殖企业的不断探索，国内循环水养殖品种的丰富度大大提高，如：斑石鲷、墨瑞鳕鱼、黄条鰤等。循环水养殖系统既是一个复杂的系统工程，又是一个矛盾的综合体，因此，不可能存在一种十全十美、适用于所有养殖品种的循环水养殖系统，只要不出现明显的设计漏洞，系统运行过程中遇到的很多问题，可以通过系统管理技术和养殖技术来解决。