循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝(xiao)酸氮的影响。环控公司的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开。目前循环水养殖设备已实现工厂化生产，做到了养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。