保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝(xiao)酸盐、硝(xiao)酸盐、磷酸盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
20世纪80年代，国外的工厂化循环水养殖设施和技术开始进入中国，当时各地花巨资共引进了西德和丹麦约30余套循环水养殖设施，但由于高昂的投入和运行成本，上述设施很快便被束之高阁。1988年，中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所在吸收消化国外技术的基础上，设计了国内第壹个生产性的工厂化循环水养殖车间。随着养殖业和物流的迅速发展，北方冬季的吃鱼问题得到很大改善。随着北方鱼价的大幅下跌，工厂化循环水养殖的经济性受到了严重的质疑，加上技术上的不成熟，工厂化循环水养殖的发展进入了低谷。