生化过滤依靠的是硝化细菌，硝化细菌的数量直接影响净水效能。硝化细菌的数量和滤材的表面积有关：表面积越大就能附着越多的硝化细菌。有资料显示，火山石的比表面积是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。还有一种micro k1的东西，国内电商平台上面没有见过，比表面积是950平方米/立方。常见的过滤还有沼泽过滤，这个属于是被动过滤，滤材上的硝化细菌因为得不到足够的氧气，硝化反应比较慢，大多数商超暂养用的就是这种过滤，优点是建造完成后基本无需维护。
工厂化循环水养殖系统中溶解氧是非常重要的，溶解氧是养殖动物氧气需求的来源，是养殖动物生存及正常生理活动的根本保证。溶解氧可以氧化残留有机质跟水体及池底的有害物质，有利于耗氧性微生物生长繁殖，促进有机物降解，减少有毒、有害物质的作用，抑制厌氧微生物的活动。总而言之，溶解氧对于水产养殖，是一个重要的因素之一。在养殖中，偶尔会存在溶解氧不足的情况，溶氧不够无法提高产量甚至会影响水质，这时我们就必须为养殖水里增氧。增氧的方式有很多种，常见的有罗茨风机、高压风机、液氧罐、制氧机等等。
20世纪90年代，在淡水养殖方面，随着经济的快速发展，全国各地兴建了很多水产养殖示范区，建立了一批淡水鱼类工厂化循环水养殖系统，但是其经济性矛盾依然突出。而工厂化循环水苗种繁殖生产系统具有水环境可控、苗种质量高等优点，适应了苗种生产的反季节性、水质条件要求高的特点，并且苗种的单位产值高，使之得到了一定程度的应用。以大菱鲆工厂化流水养殖为代表的海水工厂化养殖的大力推广，随之而来的是优质水资源大量耗用，尤其是地下水资源，造成地下水位下降、地陷等诸多问题。“九五”以来，国家有关科研计划大力支持海水工厂化循环水养殖的研究，并取得了重要的阶段性成果。