传统养殖方式如池塘养殖和网箱养殖，存在着占地面积大，适合养殖的地域有限，污染环境，易受地理气候条件影响，容易因自然灾害造成减产等劣势，其越来越严重的环境问题和产品安全性问题，难以实现可持续性发展。与传统养殖方式相比，循环水养殖生产每单位水产品可以节约50～100倍的土地和160～2600倍的水，比传统养殖节约90%～99%的水和99%的土地，并且几乎不污染环境。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。
我国是世界上水产养殖规模大的国家，但由于传统养殖方式存在的规范化程度低、养殖模式简单、水资源浪费大、污染严重等问题，导致产能严重滞后。近年，由中国水产研究院联合相关科研和推广部门，对工厂化循环水养殖系统开展了全面研究。我国的南方地区海岸线长，网箱和土塘养殖发达，但存在各种鱼、虾苗种供应不足和孵化育苗存活率低、台风等自然灾害较多、工业污染水源等问题。