工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
每平方米放苗250～400尾，暂养后的大虾苗放养密度可减少20%～30％；实行三级养殖时**级每平方米可放养虾苗1000～1200尾，二级每平方米放养500～800尾，三级每平方米放养250～300尾。在低盐度或淡水中养殖凡纳滨对虾时，必须对虾苗进行淡水驯化。在育苗室淡化速度每日盐度降低不超过5，降至5时便可直接向微盐池塘中放苗。在淡水池养殖，应选择在盐度1以下水中稳定培育3天以上的虾苗，亦可先向池塘内加入20～30厘米的淡水，再用出盐前的卤水或海水素（精）调节至适宜的盐度放养虾苗，经数日暂养后，再逐日加入淡水。
水体的盐度和硬度都能达到饱和进而析出，所以必须在系统内部放置植物。可以在水体内放置水葫芦、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池种蔬菜比如西红柿树、地瓜树、西瓜、土豆，矮化的果树也是可以的。在水池内放置水葫芦则需要注意不能被鱼吃掉了。这样植物还会遮光，避免鱼被日光照射，同时还能收获大量蔬菜和鱼食。整个系统是需要日光的，一来是植物光合作用消耗肥水无机盐，再就是给水体加温，应尽可能的加大日光采集。