循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
造成桃拉病毒滋生的主要原因就是养殖水的水质控制问题，使用外塘养殖模式到了一定时间，水质相对会比较差，这时候就会滋生各种各样的病毒。广州环控农业生物科技有限公司为了提高养殖水的质量，进行了长期的实验和研究，结合循环水养殖系统和生物絮团养殖技术，打造了一个适合养殖对虾的养殖模式。运用循环水养殖设备，可以有效改善水质环境，而且节约水能，同时可以进行高密度养殖对虾，产量比外塘养殖要高出10倍有余。