目前我国的循环水养殖系统技术的系统设施和养殖生产处于相脱节的状况，也就是说只有少数人真正掌握循环水养殖设施正常管理技术，大多数已建的循环水养殖设施很大一部分不能正常运转。究其原因，一是循环水养殖管理要求复杂，技术上有缺陷，不易实现平稳运行；二是一般养殖场的人员素质和结构不能满足循环水养殖的要求。因此，今后养殖设施的开发应更加注重从整体上整合养殖设施和养殖技术，做到“软硬件”真正的统一，并不断提高设施的信息化和智能化水平，降低管理维护难度。
养殖过程中产生的残饵、粪便，有部分无法通过换水排出而吸附在池壁池底。洗池对于排出养殖池底的污物有一定效果。无死角的养殖池形状结合向中央倾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。当同一个养鱼池中鱼的大小、强弱不一时，会严重影响鱼的生长速度，因而，养殖过程中必须按时进行大小分选。鱼的大小分选不仅可以防止互残（半滑舌鳎的互残的情况很少发生），而且便于进行管理，尤其是幼鱼，幼鱼生长比较快，分选和不分选，幼鱼的生长、死亡率和饵料的利用率相差很大。但要尽可能减少分养次数，过多次数的分养会使鱼体受伤，增加鱼的应激反应。
循环水系统处理的对象一般是含有大量固体悬浮物或溶解性的物质，这些物质排入到养殖水中后会在细菌的作用下，分解成氨、硫化氢等对水生动物有毒的物质。因此，一时间将这些污染物截留并尽可能地将这些污染物变废为宝，是循环水处理系统的功能所在。循环水处理系统首先包括机械过滤部分。这些设备会将水中的固体悬浮物在一时间过滤出来。经常用到的设备是蛋白质分离器、微滤机、精密过滤器等设备。其次，循环水处理系统还有生化过滤设备。这些设备是为了培养相应的微生物来对水中溶解性物质进行分解分离的。