生化过滤依靠的是硝化细菌，硝化细菌的数量直接影响净水效能。硝化细菌的数量和滤材的表面积有关：表面积越大就能附着越多的硝化细菌。有资料显示，火山石的比表面积是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。还有一种micro k1的东西，国内电商平台上面没有见过，比表面积是950平方米/立方。常见的过滤还有沼泽过滤，这个属于是被动过滤，滤材上的硝化细菌因为得不到足够的氧气，硝化反应比较慢，大多数商超暂养用的就是这种过滤，优点是建造完成后基本无需维护。
保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝/酸盐、硝/酸盐、磷酸盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
在使用循环水养殖系统后，企业能耗费用明显降低，养殖池水经过处理后循环使用，降低了企业取水成本，水质明显提高，鱼虾发生病害几率迅速降低，每年可为企业节约费用达几十万元。工厂化循环水养殖模式具有节水、节地、生态环保、生产可控性强、高密度、低风险、水产品质量安全等优点，被认为是代表21世纪水产养殖业发展的主导方向之一。我国作为世界水产养殖大国，推广工厂化循环水养殖模式。推进水产养殖技术向高端、精准、节能、高产的方向发展。