循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
循环水养殖系统（recirculating aquaculture system，RAS）作为一种新型养殖模式，通过一系列水处理单元将养殖池中产生的废水处理后再次循环回用。其主要原理是将环境工程、土木建筑、现代生物、电子信息等学科领域的先进技术集于一体，以去除养殖水体中残饵粪便、氨氮（TAN）、亚硝（xiao）酸盐氮（NO2--N）等有害污染物,净化养殖环境为目的，利用物理过滤、生物过滤、去除CO2、消毒、增氧、调温等处理将净化后的水体重新输入养殖池的过程。其不仅可以解决水资源利用率低的问题，还可以为养殖生物提供稳定可靠、舒适优质的生活环境，为高密度养殖提供了有利条件。
很多人会问自来水可以进行水产养殖吗，答案是否定的。让我们来先了解一下鱼的免疫系统，鱼身体的表皮层内长有一种杯状细胞，不断地在分泌着粘液，使鱼体减少游在水中的摩擦，同时，粘液又能保护鱼体不受寄生物、霉菌、细菌和其他微小生物的侵蚀，并使皮肤具有一种正常的渗透能力。为什么说自来水不适合水产养殖呢，因为自来水中主要含有"氯"的成份。自来水中的氯却是一种强氧化剂，在水中生成很不稳定的强氧化剂---次氯酸。