保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝/酸盐、硝/酸盐、磷S盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
我们应该用目标产量和预算来衡量需要做多大面积的工厂化循环水养殖系统，而不是简单的用面积来做对比。 工厂化循环水养殖系统前期投入相对较高，如果简单套用原来池塘养殖的经验和面积，总投资额会是一个很庞大的数字，普通养殖户难以接受，也无形中放大了工厂化循环水养殖的高投入印象，不利于养殖户对工厂化养殖产生合理的理解。 在从传统池塘养殖转换到工厂化循环水养殖的过程中，我们可以用一个简单的比例来进行换算，同样的产量，工厂化循环水养殖仅需池塘养殖面积的10%。有了这个比例，就能更科学的规划养殖面积和预算。
水体的盐度和硬度都能达到饱和进而析出，所以必须在系统内部放置植物。可以在水体内放置水葫芦、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池种蔬菜比如西红柿树、地瓜树、西瓜、土豆，矮化的果树也是可以的。在水池内放置水葫芦则需要注意不能被鱼吃掉了。这样植物还会遮光，避免鱼被日光照射，同时还能收获大量蔬菜和鱼食。整个系统是需要日光的，一来是植物光合作用消耗肥水无机盐，再就是给水体加温，应尽可能的加大日光采集。