在藻类生长所需的大量元素中，磷、氮通常是水体浮游植物增长的限制性因子，总氮大于1.2毫克/升、总磷大于0.11毫克/升时水体开始富营养化，在淡水中当总磷小于0.1毫克/升时藻类生长发展为磷限制。而过高的磷输入如总磷为1.65毫克/升，并不能促进藻类生长。要培养出养殖所需要的有益藻、抑制蓝藻、裸藻等有害藻，我们需要重点关注一些化学指标，总碱度、硬度、盐度、氮、磷、碳以及微量元素钙、铁、锰、锌等有可能成为限制性因子的指标。池塘中的有机质含量可通过检测水中有机耗氧量得知，水中有机质含量高，氮磷的含量也会高，在降氨氮同时可以降低水体有机质含量。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
工厂化循环水养殖系统中溶解氧是非常重要的，溶解氧是养殖动物氧气需求的来源，是养殖动物生存及正常生理活动的根本保证。溶解氧可以氧化残留有机质跟水体及池底的有害物质，有利于耗氧性微生物生长繁殖，促进有机物降解，减少有毒、有害物质的作用，抑制厌氧微生物的活动。总而言之，溶解氧对于水产养殖，是一个重要的因素之一。在养殖中，偶尔会存在溶解氧不足的情况，溶氧不够无法提高产量甚至会影响水质，这时我们就必须为养殖水里增氧。增氧的方式有很多种，常见的有罗茨风机、高压风机、液氧罐、制氧机等等。