工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
溶氧量充足可以改善鱼类栖息的生活环境，降低氨氮、亚硝(xiao)酸态氮、硫化氢等有毒物质的浓度。鱼虾生活在溶氧不足的水中，体质将下降，对疾病抵抗力降低，发病率升高，在低氧环境下寄生虫病也易于蔓延。由于国内现阶段池塘养殖方式较为广泛，工厂化养殖厂规模大多较小，所以主要使用机械式增氧机。工厂化养殖规模大，养殖密度高，对增氧系统要求高，普遍采用纯氧、富氧增氧。虽然机械式增氧机目前基本上能满足国内要求，但是考虑到大规模正规的工厂化养鱼厂及发展趋势，纯氧、富氧增氧技术在国内的运用是必然。
生化过滤依靠的是硝化细菌，硝化细菌的数量直接影响净水效能。硝化细菌的数量和滤材的表面积有关：表面积越大就能附着越多的硝化细菌。有资料显示，火山石的比表面积是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。还有一种micro k1的东西，国内电商平台上面没有见过，比表面积是950平方米/立方。常见的过滤还有沼泽过滤，这个属于是被动过滤，滤材上的硝化细菌因为得不到足够的氧气，硝化反应比较慢，大多数商超暂养用的就是这种过滤，优点是建造完成后基本无需维护。