工厂化循环水养殖系统的典型工艺和装备是以物理过滤结合生物过滤为主体，对养殖水体进行深度净化，并集成了水质自动监控系统，实时监测并调控养殖水体质量并可追溯。该系统具有工艺技术完善、水处理效果好、水质状况稳定、生产操作舒适、设备维护简便、运行成本低、系统投资省等优点。这是一套简洁有效的工艺技术路线：鱼池出水自流进入微滤机池，去除残饵和鱼粪等颗粒直径大于60微米的固体悬浮物质，经水泵提升进入生物滤器，一方面截流微小的颗粒悬浮物，另一方面对水体中的氨氮进行降解，净化后的水自流回鱼池。
在使用循环水养殖系统后，企业能耗费用明显降低，养殖池水经过处理后循环使用，降低了企业取水成本，水质明显提高，鱼虾发生病害几率迅速降低，每年可为企业节约费用达几十万元。工厂化循环水养殖模式具有节水、节地、生态环保、生产可控性强、高密度、低风险、水产品质量安全等优点，被认为是代表21世纪水产养殖业发展的主导方向之一。我国作为世界水产养殖大国，推广工厂化循环水养殖模式。推进水产养殖技术向高端、精准、节能、高产的方向发展。
工厂化循环水养殖的实质是养殖生产的工业化，生产过程可控，可以跨季节养殖，产品像工业品一样可以有计划地均衡上市。其特点：一是用水量少，可利用较低质水源，对水资源要求较低；二是占地少，对土地资源的要求低；三是养殖密度高，单位耗水产量大；四是易于控制生长环境，鱼类(以及其他养殖种类)生长速度快，生长周期短；五是饲料利用率高；六是水循环使用，利用系数高；七是排放的废水废物少，能集中处理，对环境无压力或很小；八是不受外界气候的影响，可实现常年生产。