保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝/酸盐、硝/酸盐、磷S盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
石斑鱼属于暖水性鱼类，此时正值冷空气南下，气候多变，气温低，雨水多，昼夜温差大，对池塘养殖影响严重，常常出现石斑鱼趴边、慢料、甚至死亡等问题，给养殖效益带来极大的影响。导致出现这种现象的原因有以下3点：1、气温降低、天气多变、水环境不稳定，造成石斑鱼应激大，出现慢料、趴底现象，有的体质弱的鱼甚至出现死亡。2、养殖中后期，饲料投喂量大，有机质积累日益增多，池塘污染严重，底质、水质恶化迅速，常出现水浓、虫害等问题，白天易发生气泡病，晚上易出现缺氧现象，甚至出现死亡。3、天气低温、昼夜温差大，池塘水质不稳定，影响石斑鱼正常摄食，出现慢料、不摄食等问题，即使摄食后也不易消化，加重肝脏、肠胃等内脏器官负担，体质减弱，抵抗力下降，出现肠炎、花肝等问题，病鱼身体消瘦，趴边、游塘，严重者出现大量死亡。
工厂化循环水养殖系统是以工业化手段主动控制水环境，水资源消耗小、占地少、对环境污染小、产品优质安全、病害少、密度高、养殖生产不受地域或气候的限制和影响，资源利用率高，是高投入高产出，低风险实现水产养殖业可持续发展的重要途径。工厂化循环水养殖采取集约化生产方式，减少了人力成本，降低了饵料系数。10%的养殖面积产出百分百的产量，这仅仅是其优势之一，更加环保的养殖方式，也提高了养殖品种的品质，可以获得更好的产品售价和经济效益。消费者对高品质的水产品需求日益增长，传统养殖方式产出的水产品没有太多的附加值空间，利润小，风险高，已经很难适应高端消费者的需求。