生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
养鱼先养水。水质方面有氨氮、亚盐、ph、硬度、盐度(淡水鱼)、大肠杆菌。水质净化使用虹吸方式。一来可以进化水质，二来溶氧很方便，三来会推水，一举多得。基质使用1-2CM规格的火山岩或者陶粒，需要提下的是同体积火山岩的硝化效能是陶粒的好几倍。其他还可以采用的有人工烧结的球型滤材，观赏鱼那里经常使用，但是成本较高。如果不种植植物还有毛刷生化球可选，但这个项目不在此次经验分享里。如果水源水好的话养出的鱼品质更好，同时水温合适也能省更多的成本。 因为不向外排水，所以长期运行后水会很肥。
项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。