但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
广州环控农业生物科技有限公司针对如何防止水产养殖疾病的滋生做出了长时间研究，经过几年时间的不断反复研究，发现病毒的滋生主要是因为养殖水体质量变差恶化造成的，很多的病毒在养殖水体质量差的环境中会显得异常活跃。同时广州环控经过几年时间的研究发现，水产养殖户们所做的防护措施根本是治标不治本的，可能短时间内有效，因为他们根本没有一整套完整的系统去维持水体环境质量。
高密的养殖下，一旦系统崩溃、疾病爆发或循环水养殖系统运行的稳定性和系统总水量的平衡、生物滤池的维护、过滤设施的定期清理、合理的投喂策略、适宜的养殖密度以及水质的检测和疾病的预防都是分不开的。因此，循环水系统的科学有效运行是多学科知识的综合体现。研究调查发现，很多企业对循环水养殖的原理、水处理设施设备的作用、运行参数等知之甚少，直接影响到系统的运行管理。较高的进入门槛也进一步加大了循环水养殖模式的推广难度。