目前普通的养殖技术都是基于自然或传统养殖模式条件下鱼类的生理活动研究成果，但是在工厂化高密度条件下，鱼类受到环境胁迫，生理状况会有显著变化，水生态环境更为单一，养殖技术应有相应的调整。我国目前在该领域的研究严重滞后于生产，无法提供成熟的养殖工艺，设施的效能不能得到发挥。部分配套技术的发展也不均衡，比如饲料品质普遍较差，营养转移效率低且不稳定，增加了设施系统的处理负荷，导致综合效益下降。因此，需要针对工厂化循环水养殖的系统条件，研究发展配套的养殖技术。
循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。