结合工厂化循环水养殖系统的特点，研究开发出节能环保，占地面积少，土地使用效率高，能有效隔离病害和控制病源的侵入，降低鱼苗的携菌和发病率的封闭式工厂化养殖循环水处理系统：在台风自然灾害较多的南方，工厂化循环水养殖可有效抵御自然灾害对水产养殖业毁灭性的打击。在循环水养殖系统中，重要的就是水质的净化处理，这关乎到水产养殖的成败。目前，传统的循环水养殖系统由于大量电力化设备的使用，能耗特别高，加之部分设备耐腐蚀性差，成为现在做循环水养殖头疼的事情。
水霉病对水产动物没有选择性，凡是受伤的都有被感染的可能，水霉菌是腐生性的，它不感染健康无伤的鱼。因为活细胞具有“抗霉s”，“抗霉s”很可能存在于黏液分泌细胞所分泌的黏液中，细胞一死，就停止分泌黏液，水霉菌孢子很快寄生上去。疾病早期基本没有症状，当肉眼能发现症状时候，菌丝已经在伤口侵入并向外长出外菌丝，似灰白色的绵毛状，俗称“生毛”或白毛病。霉菌可以分泌大量的蛋白酶，机体受刺激后能分泌大量的粘液。
目前普通的养殖技术都是基于自然或传统养殖模式条件下鱼类的生理活动研究成果，但是在工厂化高密度条件下，鱼类受到环境胁迫，生理状况会有显著变化，水生态环境更为单一，养殖技术应有相应的调整。我国目前在该领域的研究严重滞后于生产，无法提供成熟的养殖工艺，设施的效能不能得到发挥。部分配套技术的发展也不均衡，比如饲料品质普遍较差，营养转移效率低且不稳定，增加了设施系统的处理负荷，导致综合效益下降。因此，需要针对工厂化循环水养殖的系统条件，研究发展配套的养殖技术。