近些年来，随着水产养殖塘租、鱼种、药费、刮鱼人工等费用的增加，使得养殖成本的大大提高，很多水产养殖户为了降低成本，便开始加大放养密度。高密度养殖能够带来更高收益的同时也带来难以解决的危害，很多水产养殖户都不同程度上出现了养殖池亚*酸盐过高的现象。养殖池亚*酸盐过高会引发一系列问题，例如：造成鱼黑鳃、鳃肿、烂鳃，严重时大量死鱼；增氧不够或天气差时，鱼容易缺氧浮头；导致鱼吃料变差，且容易出现肠炎；刮鱼时容易出现“白身”、“烧尾”、“硬骨”等问题。而高密度养殖会增加处理亚*酸盐的难度，很多养殖户连泼2-3次降亚*酸盐药都不见效果。
我国工厂养殖目前受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全封闭循环水养殖企业较少。流水养殖和半封闭养殖方式产量低（单位水体产量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，与先进国家技术密集型的循环水养殖系统相比，在系统的循环水率、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近国际水平，在设备、工艺、产量（先进技术的产量达100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物净化系统的构建、净化效率和稳定性、系统集成度、系统稳定性等方面仍存在着一定的差距。
我国是世界上水产养殖规模大的国家，但由于传统养殖方式存在的规范化程度低、养殖模式简单、水资源浪费大、污染严重等问题，导致产能严重滞后。近年，由中国水产研究院联合相关科研和推广部门，对工厂化循环水养殖系统开展了全面研究。我国的南方地区海岸线长，网箱和土塘养殖发达，但存在各种鱼、虾苗种供应不足和孵化育苗存活率低、台风等自然灾害较多、工业污染水源等问题。