保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝(xiao)酸盐、硝(xiao)酸盐、磷酸盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
虾苗选择的关键是选用健康、无特定疫病的虾苗，肉眼观测大小整齐，体长0.6厘米左右。虾苗应活泼健壮，无病弱苗和死苗，溯水能力强，体色透明，不发红，肝心区黑褐色。取虾苗试养1～2天，死亡率不应大于5%。有条件者可取50尾虾苗，送有关部门进行病毒检测，选用不带白斑综合症病毒病之虾苗。夏威夷购进的第1代SPF亲虾繁育虾苗更为适合。
但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。