但目前来看，工厂化循环水养殖技术和系统的推广还存在以下问题：是基础建设成本高，投入大。现在采用循环水养殖系统的企业大多数为具有一定规模，技术力量和实力较为雄厚的养殖企业，而对大部分小本经营的养殖户（单位）来说是可望而不可即，这也使循环水养殖系统和技术的大范围推广受到了制约。部分工厂化循环水养殖系统由于设计存在问题或其他一些人为原因，运行不充分或运行效率较低，影响了工厂化循环水养殖的总体水平，节水节能技术路线有待进一步探讨、完善。
工厂化循环水从水处理的侧重点不同分为机械模式和生化模式，主要区别就是看能耗大小，本文所讲的是生化模式。这个模式能否成功，与虹吸能否顺利运行有直接关系，虹吸设备需要时常维护否则会莫名其妙的失效。有人说：我都准备投入了30万，你告我天天还得维护，这是搞毛线啊？虹吸失败的话，整个系统视养殖密度在两天到四天以内崩溃----鱼虾死光光。工厂化循环水系统的重点是净水系统，占比50%；生物习性占30%；其他的溶氧恒温等条件的占比20%。
水体的盐度和硬度都能达到饱和进而析出，所以必须在系统内部放置植物。可以在水体内放置水葫芦、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池种蔬菜比如西红柿树、地瓜树、西瓜、土豆，矮化的果树也是可以的。在水池内放置水葫芦则需要注意不能被鱼吃掉了。这样植物还会遮光，避免鱼被日光照射，同时还能收获大量蔬菜和鱼食。整个系统是需要日光的，一来是植物光合作用消耗肥水无机盐，再就是给水体加温，应尽可能的加大日光采集。