保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水质清新。光照强度500～2000勒克斯，光照均匀。根据要求调节水温和换水量。养殖过程需按时测定水温、pH值、溶解氧、盐度、COD、氨氮、亚硝/酸盐、硝/酸盐、磷酸盐等相关指标，将各项指标控制在合适的范围内。当水温高于20℃时，需要加大地下低温海水的添加量和循环水量，并采取加大纯氧供给量的措施，使氧气饱和度达到100～150%（有液氧设施）。由于夜晚时间比较长，也是鱼类生长速度比较快的时段，因此每天傍晚要坚持清洁养殖池一次，并进行一次池底排污操作，给鱼苗创造一个良好生长的环境。
生化模式净水主要是靠硝化细菌，硝化细菌从无到有这个过程俗称挂膜。硝化细菌挂膜需要滤材（细菌屋）；硝化细菌属于好氧细菌，因此需要氧气；硝化细菌繁殖还需要养分，也就是鱼粪。再满足上诉三个情况下，保持25度水温，硝化细菌从无到有需要将近35天，15度水温情况下需要50天或者更久，这个过程叫冷启动。想快速启动，可以使用液体硝化细菌，或者添加一些其他已经挂膜的滤材进来进行引菌，这个过程叫热启动。海水系统应为高盐度的问题，自然挂膜时间比淡水系统要长一倍以上，时间也随盐度升高而延长。
工厂化循环水养殖系统中溶解氧是非常重要的，溶解氧是养殖动物氧气需求的来源，是养殖动物生存及正常生理活动的根本保证。溶解氧可以氧化残留有机质跟水体及池底的有害物质，有利于耗氧性微生物生长繁殖，促进有机物降解，减少有毒、有害物质的作用，抑制厌氧微生物的活动。总而言之，溶解氧对于水产养殖，是一个重要的因素之一。在养殖中，偶尔会存在溶解氧不足的情况，溶氧不够无法提高产量甚至会影响水质，这时我们就必须为养殖水里增氧。增氧的方式有很多种，常见的有罗茨风机、高压风机、液氧罐、制氧机等等。