循环水养殖系统难点是解决氮循环的问题，要消除氨氮和亚硝/酸氮的影响。传统的解决方案是在循环水养殖系统中加入了反硝化反应池，但由于反硝化作用需要在严格厌氧条件下进行，因此硝化作用反应池需要跟反硝化作用反应池分开，这就增加了循环水养殖系统的成本。前循环水养殖设备已实现工厂化生产，实现养殖池与养殖净化设备的无缝连接。通过一系列的物理过滤、化学沉淀以及通过微生物的作用去除氨氮、硝氮和亚硝氮再通过杀菌消毒、充氧等操作，水体重新流回到循环水养殖系统中，实现养殖水的循环利用。
对于“白便”疾病很多专家也都对其进行研究，据研究报道指出：白便的诊断特点是虾肝胰腺中内侧脱落许多小管上皮细胞，目前把他作为来源于虾胃的致病菌的一个未知结果毒素。发现对虾产生的的白色粪便和肝胰腺中有大量蠕虫状体（ATM），是肝胰腺微绒毛脱落，原始细胞裂解，形成蠕虫状体，像簇虫而并非簇虫。白便通过肉眼不难看出，并非消化不好的粪便，而发病虾很多表现为空肠空胃，不难判断这个白色物质主要是肝胰脏所产生的分泌物。
项目投产前，首先需要决定养殖品种：因为底息类的鱼池设计有区别，同时还需要对生物习性了解清楚：喜欢静水，还是喜欢顶水；适宜水温等等条件，不一而足。再了解了生物习性后，工厂化循环水养鱼成功与否取决于以下几个主要条件：溶氧量、水质、水温，如果是海鱼的话还有盐度。副条件还有：ph、硬度、盐度(淡水鱼)、光照等。买鱼苗后先进行观察筛选（15天以上），把那些状态不好的，比如明显有寄生虫、残疾等不适合的剔除了，省的以后麻烦。在观察期间还会死鱼，除了体质问题外，还有一个因素是水体各元素含量不同导致的。